Au moyen âge, l’essentiel des terres appartient aux grandes abbayes angevines.
En 769, Pruniers fut donné par Pépin le Bref aux moines de l’abbaye St. Aubin. La paroisse de Bouchemaine devint, à la fin du 11e siècle, propriété du chapitre de St. Laud qui, en 1120, dut en restituer une partie à la puissante abbaye de femmes du Ronceray.
Des procès retentissants opposèrent alors les deux communautés jusqu’à ce qu’elles se mettent d’accord pour construire une écluse et des moulins flottants dont elles se partageaient les droits.

À la fin du 15e siècle et surtout aux 16e et 17e siècles, noblesse et bourgeoisie commencent à apprécier les villégiatures campagnardes, à la fois sources de profits et résidences de plaisance. Les bords de Maine et de Loire deviennent un lieu de prédilection pour ce type de constructions.
Vers 1450, le domaine de la Rive, à Pruniers, fut acquis par le Comte de Laval, père de la Reine Jeanne, deuxième épouse du Roi René. Celui-ci en fit don à son gendre «pour son ébat et son plaisir». La reine Jeanne se plaisait à la Rive, elle y fit de fréquents séjours entre 1451 et 1454.
Au milieu du 16e siècle, de riches bourgeois angevins s'installèrent, à leur tour, sur l'ancien domaine des moines de Saint Aubin qui avait fini par se disloquer complètement. Ils acquirent le domaine de la Piverdière, firent construire le Logis des Vergers près de l'église de Pruniers. En 1542, François Fouquet, bisaïeul du célèbre surintendant devint propriétaire du domaine des Harenchères.

La Pointe est le premier poste de péage important après la frontière Anjou-Bretagne à Ingrandes.
Au Moyen Age, de nombreux droits y sont perçus sur les denrées qui remontent la Loire.
Au 18e siècle, tous les convois royaux de sel s’y arrêtent pour y être contrôlés.
Le bureau de Fermes se trouve au lieu dit « la Prévosté », la chapelle actuelle Notre-Dame de Ruzebouc fait alors fonction de grenier à sel.

Durant la seconde guerre mondiale, Bouchemaine connut seize bombardements.
Le 8 juillet 1944, le pont de chemin de fer fut partiellement détruit.
Début août, le pont suspendu miné par les Allemands sauta.
Le pont du Petit Anjou restait la seule voie d'accès vers Angers pour les Américains sous les ordres du général Patton. Il fut pris le 8 août 1944 permettant la libération d'Angers.